São órgãos que compõem a estrutura da Reitoria e cuja função é a de coordenar as atividades fins (ensino de graduação, pesquisa, extensão e ensino de pós-graduação) e as atividades meio (administração de recursos humanos, planejamento e execução orçamentária e financeira).
A UERN possui seis Pró-Reitorias: